So abenteuerlich den Gebietsunkundigen die Geografie von Schaffhausen mit ihren Exklaven und Abstechern nach Baden-Württemberg anmutet, so unübersichtlich und verstreut erscheinen ihm die Weinbaugebiete. In zwanzig Gemeinden wird auf 482 Hektaren Wein erzeugt. Man unterscheidet vier Regionen: Klettgau, Schaffhausen/Reiat, Stein am Rhein im oberen und Buchberg/Rüdlingen im südlichen Kantonsteil.

Der Klettgau liegt in ländlicher Abgeschiedenheit, besitzt eine lange Grenze zu Deutschland und ist mit 389 Hektaren Rebfläche Schaffhausens bedeutendstes Weinbaugebiet. Von Gächlingen über Oberhallau und Hallau bis Trasadingen erstreckt sich der grösste zusammenhängende Rebberg der Deutschschweiz – sanfte Hügellagen am Rande des Randen. Die tiefgründigen Böden bestehen aus kalkreichem Lehm und bieten dem Blauburgunder hervorragende Voraussetzungen. Zentrum ist das nur 2000 Einwohner zählende Winzerdorf Hallau, von weitem schon erkennbar an seinem Wahrzeichen, der Bergkirche St. Moritz. Sein Wein, der rote Hallauer aus der Blauburgundertraube, galt lange Zeit als Aushängeschild des Schaffhauser Weinbaus und ist heute noch einer der bekanntesten Rotweine der Schweiz.

In nicht immer ganz inniger Konkurrenz zu Hallau steht das Winzerdorf Wilchingen am Fusse des Südrandens. Seine Hauptlagen – die eine gegen Hallau, die andere gegen Osterfingen gerichtet – ergeben durch ihre unterschiedliche Bodenzusammensetzung in der Assemblage einen ganz eigenständigen Blauburgunder. Zusammen mit dem benachbarten Osterfingen bildet Wilchingen mit 97 Hektaren Fläche das zweitgrösste Rebbaugebiet des Kantons. Die Böden dort liegen auf kiesigem Moränengrund und gelten als etwas leichter. Besonders stolz ist Osterfingen auf die mitten in den Rebbergen gelegene Bergtrotte aus dem Jahr 1584. Sie wurde als Herzstück der Genussregion Wilchingen Osterfingen Trasadingen umfassend restauriert und zu einem Zentrum des Pinot Noir im Blauburgunderland ausgebaut.

Eine Fussnote wert ist die Weinbaugemeinde Löhningen. Sie stellt einen weissen Flecken dar im Blauburgunderland: Von elf Hektaren Reben sind nicht weniger als 7,2 Hektaren mit Riesling-Silvaner bepflanzt.

Die Stadt Schaffhausen war im Spätmittelalter mit ihrer strategisch wichtigen Lage nahe am Rheinfall das Zentrum des Ostschweizer Weinbaus. Rund 300 Hektaren Reben sollen sich in dieser Blütezeit wie ein Gürtel um die Altstadt geschlungen haben. Heute trotzen noch sieben Hektaren der Bautätigkeit. Sie bilden zusammen mit dem Reiat im Nordosten des Kantons eine ebenfalls blauburgunderdominierte Weinregion von 28 Hektaren Grösse.

Dessen Hauptort Thayngen ist schon seit 300 Jahren für seine exzellent gelegenen Reblagen bekannt und erlebte in jüngster Zeit eine kraftvolle Renaissance als Weinbauerndorf.

Im oberen Kantonsteil konzentriert sich der Rebbau auf die steil zum Rhein niederfallenden Reblagen des Wolkensteins zwischen Stein am Rhein und Hemishofen. Die Anbaufläche beträgt 32 Hektaren. Die Böden sind anders als etwa im Klettgau, flachgründiger, sandig-kiesig und damit leichter. Sie ergeben in der Regel eher zartere, aber umso finessenreichere Weine.

Die beiden Weinbaugemeinden Buchberg und Rüdlingen im unteren, südlichen Kantonsteil sind von Deutschland und vom Kanton Zürich umgeben. Rebbau soll da schon im Mittelalter betrieben worden sein. Buchberg ist die fünftgrösste Weinbaugemeinde von Schaffhausen. Zusammen mit Rüdlingen werden in der Exklave auf 33 Hektaren Reben bewirtschaftet. Der Boden besteht aus Molassesandstein und Mergel. Der beschaulich an den Reblagen vorbeifliessende Rhein sorgt für ein ausgeglichenes, mildes Klima. Die Weine, überwiegend Blauburgunder, sind besonders gehaltvoll und elegant.