Der Branchenverband Schaffhauser Wein setzt sich aus dem Weinbau- und Einkellererverband zusammen. Die gewählten Vorstandsmitglieder dieser beiden Verbände bilden gleichzeitig den Vorstand des Branchenverbandes Schaffhauser Wein. Die Geschäftsstelle ist für die Umsetzung und Organisation der Aufgaben und Arbeiten des Branchenverbandes verantwortlich.

Zusätzlich wird das Blauburgunderland vom Beirat in seinem Streben nach Qualität unterstützt. Jeweils im August beurteilt er die Weine nach internationalen Massstäben.